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VCLinux Beta 2では、インストール時に正しくgrubがインストールできないというバグを確認しています。

Beta 2をインストールする際は、/usr/sbin/bootloader-configを以下のように修正してください。

DEBIAN_FRONTEND=noninteractive chroot $CHROOT apt-get -y install...の前にDEBIAN_FRONTEND=noninteractive chroot $CHROOT apt-get updateを追加してください。