VCLinux Beta 2では、インストール時に正しくgrubがインストールできないというバグを確認しています。
Beta 2をインストールする際は、/usr/sbin/bootloader-config
を以下のように修正してください。
DEBIAN_FRONTEND=noninteractive chroot $CHROOT apt-get -y install...
の前にDEBIAN_FRONTEND=noninteractive chroot $CHROOT apt-get update
を追加してください。